肝内胆管结石形成的原因相对比较多，最主要的原因是由于患者的胆汁代谢异常造成，一般来说，但只是由毛细胆管和肝细胞分泌的。正常情况下，胆汁分泌后顺着胆管排入肠道内，帮助机体消化食物，如果患者在进行胆汁代谢的过程中，胆汁过度的黏稠浓缩析出，可以附着在管壁而形成肝内胆管结石。 部分患者由于自身属于结石体质，可以在肝内或者肝外胆管形成多发的结石。尤其是肝外胆管结石，一旦形成，会引起明显的临床症状，造成患者腹痛发热、恶心、呕吐，需要及时进行手术治疗。而肝内胆管结石，即便形成常常由于体积较小，不会完全堵塞胆汁的排泄不会引起严重的并发症，所以大部分肝内胆管结石可以密切观察。