多囊卵巢和甲状腺功能是有关系的，特别是甲状腺功能减退的患者，因为甲状腺机能减退的患者会出现一系列低代谢综合症，机体糖代谢失衡，肥胖症以及出现胰岛素抵抗。 它的临床症状和多囊卵巢综合症非常的相似，甲状腺功能减退的患者出现了一系列低代谢症状会导致雌性激素和性激素球蛋白分泌障碍导致减少。 因此会发生高雄激素血症，这样间接影响了多囊卵巢综合症的发病和恶化，并且甲状腺功能减退能够改变卵巢的形态和体积，其分泌的激素会形成卵巢囊肿和卵巢细胞间质的病变，干扰卵巢滤泡的生长，因此也会干扰到排卵。 此外，机体中的下丘脑，垂体和甲状腺系统，当甲状腺激素分泌减少时促甲状腺激素会增高，并且垂体泌乳素的产生也会受到干扰，这一系列因素都提示二者有明确的关系。