巧克力囊肿在未绝经之前是不会自愈的。 因为属于子宫内膜异位症，随着每个月月经来临，卵巢内还会有出血，所以巧克力囊肿是逐渐增大的，除非是绝经了，不来月经了，巧克力囊肿才会逐渐萎缩变小，自然消失在绝经之前，巧克力囊肿定期复查，会生长的比较慢，可以用短效避孕药或者是gnrh类的药物来控制其生长，通过药物治疗能够放慢其增长的速度，另外如果巧克力囊肿较大的，还是建议手术治疗，手术后应该立即使用gnrh药物4到6个月的治疗能够明显降低复发几率，巧克力囊肿属于慢性病，确实是不太好治疗的，不可能发生自愈的。