乙肝病毒耐药的危害是多方面的，首先是肝炎复发加重，耐药后药物的作用减弱、甚至没有作用，所以病毒仍能大量复制，血清检查HBV—DNA反弹，就会肝炎复发，血清转氨酶升高，肝脏炎症活跃，病变进展导致肝硬化可能性增多，少数患者肝脏病变急剧加重，甚至发生肝衰竭，可能导致灾难性的后果，因此发生了耐药变异，必需要及时处理。另外发生耐药容易产生交叉耐药，一种核苷类药耐药导致同类药物也耐药，因此一旦发生耐药，以后抗病毒治疗的路就很窄了，这样容易导致患者心里健康问题。