卵巢巧克力囊肿痛经可以首先考虑药物治疗，包括非甾体抗炎药、口服避孕药及高效的孕激素。二线的药物包括GNRHA、左炔诺孕酮宫内缓释系统，如果一线药物治疗无效，可以改二线药物，若依然无效就应该考虑手术。 手术的指征包括卵巢子宫内膜异位症，囊肿直径大于等于四厘米，患者合并不孕以及痛经，药物治疗无效，手术以腹腔镜为首选，但手术后症状复发率较高，年复发率可高达百分之十，所以手术之后还要使用辅助药物治疗，并且长期的进行管理，可根据病情选择一线或者二性的药物用于术后治疗，以减少复发以及疼痛。