胎儿畸形的后遗症要根据胎儿畸形的种类来决定。常见的胎儿畸形及其后遗症包括:①胎儿先天性心脏病:可以引起新生儿青紫，呼吸困难，乏力，不能参加体力活动等并发症。②胎儿脑积水:可以引起新生儿肢体活动能力下降，脑瘫，智力障碍等。③染色体异常:可以引起胎儿智力障碍，身体发育异常等。④骨骼系统异常:可以引起新生儿无法正常行走，骨骼变形，身体发育异常等。⑤唇腭裂:可以引起新生儿吞咽困难，言语不清等。