巧克力囊肿影响怀孕的几率需要结合具体的情况来进行分析。巧克力囊肿是子宫内膜的异位症，异位在卵巢，当月经来临时，会导致囊内的积压增加，进而导致巧克力囊肿的增加，这个时候就会压迫输卵管，导致输卵管或者影响卵巢的排卵功能，从而影响受孕，所以有巧克力囊肿的女性怀孕一般都比较困难，几率会降低，如果巧克力囊肿小于五cm，可以先试着备孕，怀孕之后有可能导致巧克力囊肿的缩小，如果备孕失败，建议先治疗巧囊，可以通过手术的方式治疗之后再进行备孕。