巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种子宫内膜异位症，到目前为止原因不是很明确的，但是有研究表明和雌激素水平是有关系的。巧克力囊肿不经过治疗的话，一般是不会自己好的。如果已经进入绝经期，巧克力囊肿很小的话，有可能是不会发展的，但不会自愈。