眼睛长期结膜炎会造成眼部黏膜反复炎症细胞浸润造成局部炎性黏膜增生，形成严表一状胬肉，简列斑等眼表疾病。 另外，会造成角膜炎等疾病，由于角膜炎会引发角膜水肿，造成角膜内皮失代偿，使角膜上皮发生缺损。从而产生角膜刺痛眼视力模糊，视觉功能下降等严重的临床表现，所以眼睛如果发生长期结膜炎，一定要及时的到眼科门诊，先进行裂隙灯显微镜，眼表检查，判断及发病原因，并且必要时要给予结膜囊分泌物实验学培养，根据培养结果判断，如果为细菌性感染。需要给予左氧氟沙星滴眼液进行抗菌药物治疗，如果为清水样分泌物，则为病毒性感染，需要给与更昔洛韦眼用凝胶进行抗病毒治疗。