怀孕三个月自然流产了，能不能流干净，那要看阴道出血的情况，如果一周之内出血干净了，说明流产就干净了，如果出血超过10天不干净就要小心流产，不干净所导致的，这个时候就要做一个B超检查，检查的目的第一要看一下子宫收缩的情况，第二看一下宫腔内残留东西的多少，如果子宫收缩不好，那就得肌肉注射缩宫素进行治疗，有残留的组织要看残留的多少，很少的话可以口服一些活血化瘀的药物，比如益母草胶囊或者是产妇安颗粒，如果很多的话，必要的时候就得行清宫手术。