EB病毒感染主要的临床症状是发热、咽颊炎、淋巴结肿大、肝脾大、皮疹，大多数孩子有乏力、头痛、畏寒、鼻塞、恶心、食欲减退、轻度腹泻等前驱症状，在发病期典型的症状是发热无固定热型，热程中毒症状不严重，咽峡炎扁桃体充血肿胀、可见出血点、伴有咽痛、大多数孩子有浅表淋巴结肿大、全身淋巴结都可受累，从颈部肿大最为明显，有的孩子伴有肝脾肿大、出现肝功能异常，部分患者在病程中可以出现多形性皮疹。