新生儿脑炎如果是病毒性的脑炎，留有后遗症的可能性不大。但是如果是化脓性的脑膜炎，将来有可能会有后遗症的发生。 因为化脓性的脑膜炎发生并发症的机会很大。常见的并发症有食管膜炎、膜下积液、脑积水、脑脓肿等。尤其容易发生在难治性的化脓性脑膜炎的患者。化脓性脑膜炎一旦出现并发症后期留有后遗症的可能性就比较大。后遗症包括智力障碍、情感障碍、语言障碍以及视觉听力的障碍有可能会遗留有癫痫等后遗症。