巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，因为内膜可侵犯全身任何部位，以卵巢，宫骶韧带最常见，由于内异症是激素依赖性疾病，在自然绝经和人工绝经后，异位内膜病灶可逐渐萎缩，而妊娠或使用性激素抑制卵巢功能可暂时阻止疾病的发展。异位子宫内膜来源至今尚未阐明，可能与经血逆流，淋巴及静脉播散，医源性种植相关，也可能与遗传因素，免疫与炎症因素相关。