长期吃头孢克肟首先就是引起肠道菌群失调，这样容易造成腹泻症状，也就是抗生素相关性腹泻病，另外就是引起细菌耐药性增加，再发生感染后机体对此药物不敏感，可能需要更高级别抗生素治疗，还有就是抗生素可能会影响孩子生长发育。