急性扁桃体炎严重时可出现并发症。首先是局部的并发症：严重者可直接向周围组织扩散，最常见者为扁桃体周围炎、扁桃体周围脓肿；也可引起急性中耳炎、急性鼻炎及鼻窦炎、急性淋巴结炎、咽旁脓肿等。第二个是全身并发症：急性扁桃体炎可引起全身各系统许多疾病，常见的有风湿热、急性关节炎、心肌炎及急性肾炎等。多数学者认为，这些并发症的发生与各个靶器官对链球菌所产生的三型变态反应有关。若急性扁桃体炎反复发作，特别是已有并发症者，应在急性炎症消退两周后施行扁桃体切除手术。