巧克力囊肿微创手术是否痛苦这个手术室有一定的创伤的。 即使是微创手术所以对患者来说是痛苦的，但是相对而言比开腹手术要好很多。而巧克力囊肿做微创手术需要在月经干净之后3到7天做手术这样更好，主要是由于如果在黄体期由于黄素囊肿可能会有引起卵巢的损害，所以不建议在黄体期行巧克力囊肿剥除手术。另外，巧克力囊肿可能会引起卵巢功能皮质的损伤，从而导致卵巢功能下降，所以如果发现了有巧克力囊肿建议行手术治疗的。