衣原体气管炎有自愈可能，但是也有加重的可能，如果已确诊的话，建议使用阿奇霉素或者罗红霉素来治疗，效果比较好，最好再联合其他广谱抗生素来增加抗感染效果，可以根据药敏结果来选择，例如喹诺酮类（左氧氟沙星）、青霉素类（阿莫西林克拉维酸钾）等，治疗后复查。