胰腺囊肿最常见的原因是一般发生于急性或慢性胰腺炎后形成的炎症性囊肿。还有发生于一切外伤或手术后形成的外伤性囊肿。炎症或外伤时胰管破裂、胰液外漏，引发周围的炎性反应，产生一层纤维素性渗出物，外露的胰液。经过数周后，纤维素壳变成强硬的纤维包裹，形成囊肿。这种囊肿不像其他囊肿一样，具有内皮细胞外膜，故称为假性囊肿。还有的胰腺就是真性囊肿。常见的原因有胰腺导管系统的先天性畸形，胰腺的导管阻塞。