巧克力囊肿一般不会自己消失，如果复查的时候发现囊肿消失了，那么要么是之前诊断有误，不是巧克力囊肿只是一个生理性的囊肿，就是囊肿长大到一定程度后破裂，然后消失，但是如果囊肿破裂的话，患者一般会有腹痛的症状。 巧克力囊肿是卵巢上的子宫内膜异位症。那么，每一次随着月经来潮，囊肿都会不断的出血增大，如果说小的囊肿，通过药物保守治疗，可能会控制囊肿的生长，或者是逐渐的萎缩。那么，如果说是比较大的囊肿，大于四五厘米是建议需要手术治疗的，没有经过药物治疗或者手术治疗，囊肿有可能是生理性的囊肿，比如说卵巢在排卵以后形成了一个黄体囊肿，那么一般来说月经干净以后复查彩超就有可能会消失。还有一种情况，就是巧克力囊肿在各种原因比如外力的刺激等等，而引起的囊肿破裂，那么破裂以后囊液流出囊肿在彩超下就可能表现为消失，但是囊肿破裂时会有腹痛症状。