早产儿灌肠的副作用有很多，主要包括以下方面。一，以引起胃肠功能紊乱，二，导致其他并发症导致过敏等问题。首先，早产儿胃肠功能尚未发育完善，容易受外界刺激，引发腹泻，腹胀，如果是灌肠用药，不合适的话，会导致胃肠功能紊乱，腹泻，便血等问题。其次，早产儿肠道粘膜娇嫩，如果灌肠操作不规范，灌肠的导管可以损损伤肠道，导致肠粘膜出血，肠穿孔等等。第三，很多不规范的医疗机构给早产儿灌肠用的药物。其说明书中没有灌肠的用法，所以很不安全，可能会出现全身的药物过敏反应，所以尽量不要给孩子选择灌肠治疗，能口服或者输液治疗的，可以选择这些方法。