肛瘘基本上是靠肛门周围彩超来确诊的。少数病人，比如高位的复杂性的肛瘘，可能的话需要所谓的核磁共振来观察一下，决定手术的治疗方案，。此之前，患者如果去医院进一步治疗或者检查，就必须要明确低有没有肛周脓肿的病死或者长期慢性腹泻或者便秘等等。第二，肛门周围有没有明显的破口，而且这个破口长期的，慢性的出现少许的血性脓性的，或者粪便一样的分泌物。除此之外的话，有没有肛周脓肿急性发作的病史。比如肛瘘、急性细菌感染，形成所谓的肛周脓肿，引起这个肛门周围持续性的剧烈列的肛周疼痛。除此之外还可以摸到一个红肿热痛的这样的所谓的包块。