卵巢巧克力囊肿伴有明显的痛经，首选药物治疗，一线的药物包括非甾体抗炎药、口服避孕药以及高效孕激素。二线药物包括促性腺激素释放激素激动剂，以及左炔诺孕酮宫内缓释系统，也就是曼月乐。当一线药物治疗无效时，可以考虑二线药物，若依然无效，则应考虑手术治疗。所有的药物治疗都存在停药后疼痛的高复发率，手术治疗的指征主要是巧克力囊肿的直径在四厘米以上，或合并不孕症或痛经，药物治疗无效，手术以腹腔镜为首选。但是术后症状复发率较高，所以术后要辅以药物治疗，并长期进行管理。