扁平疣的治疗主要包括全身治疗和局部治疗，全身治疗包括可以用活血化瘀的抗病毒的中药制剂，如治喉咙的，也可以选择用干扰素转移因子等免疫调节剂，严重者可应用，阿维a治疗。局部治疗包括各种激光治疗，比如二氧化碳点阵激光、532激光等、液氮冷冻、高频电刀、电离子或者微波治疗等物理疗法均可以治疗扁平疣，外用药物可以外用维a酸溶液，霜剂或者凝胶也可以用咪喹莫特软膏，这些药物可以使皮损局部发红脱血，而逐渐消退。