肛瘘一般通过询问病史，结合局部视诊和直肠指诊即可明确诊断。但对于复杂性的肛瘘，或反复多次手术的患者或病因不明，瘘管走行，分支内口位置不清楚，或者依次为囊性肛瘘、骶前囊肿、崎胎瘤或骨结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎并发肛瘘者，应该做一些特殊的检查，以提高诊断的准确率。目前多采用的是腔内超声，可以测定肛瘘的范围、内口位置以及瘘管支管走行分布。同时也可以选用螺旋CT，或者是核磁共振检查。肛瘘的主要诊断要点是有肛周脓肿的病史，病灶有外口、瘘道、内口，病情常反复发作，病程较长。主要症状有流脓、肛周潮湿、瘙痒、疼痛、排便不畅等。局部视诊，可见肛周硬结或破溃口，是有分泌物自溃口流出。