肠镜是不会传染梅毒和艾滋病的。因为做肠镜之前一般都会化验梅毒和艾滋，如果有这个疾病的患者，在肠镜消毒的时候，是需要特殊消毒的。在做肠镜之前，除了化验梅毒和艾滋也会化验甲乙丙肝病毒。所以会排除一切容易肠镜传染的疾病。而且常见的消毒也是十分精确的，所以应该放心做肠镜，不要担心做肠镜会传染艾滋和梅毒。做肠镜的目的主要是为了检查肠道的疾病，例如肠息肉、溃疡性结肠炎等。一般情况下，在正规的医院使用肠镜都是在给每个病人用过之后需要进行严格的清洗和消毒处理。艾滋和梅毒的病原体在肠镜上是很难继续存活的。患有艾滋和梅毒感染性疾病的患者，会使用专用的镜子来操作，正常人不会和有艾滋和梅毒的患者共用镜子的。操作之后，也会更加深入进行消毒和灭菌。