怀孕45天是可以选择药流的，药流是会有一些疼痛的，在药流的时候通常常用的药物有米非司酮和米索前列醇，在服用米非司酮的时候，有一些患者就会出现轻度的流血，但是疼痛感一般不明显，但是在服用米索促使妊娠囊从子宫壁上剥离的时候，在排出的时候是会有疼痛的，因为子宫会收缩，但是排除之后疼痛感就会减轻。如果女性比较害怕疼的，也可以考虑做无痛人流，无痛人流主要是在麻醉的方式下来做人工流产。麻醉通常是采用静脉麻醉的方法，一般在整个过程中是不会感觉到疼痛的，所以女性针对自己的个人具体情况来选择。