单纯疱疹病毒脑炎的后遗症主要是看有没有脑实质器质性的损害。建议可以复查头颅核磁共振，如果没有脑积水，脑室没有扩张。脑灰质脑白质没有病变等等情况，一般这种后遗症可以慢慢恢复。如果核磁共振出现器质性的损害，脑积水，脑室扩张，脑灰质病变，脑干病变等等情况，这样的后遗症就很难恢复，而且没有特效药物能够治疗。