大多数类型的结膜炎愈合后不会遗留并发症，少数可因并发角膜炎症进而损害视力，严重或慢性的结膜炎症可发生永久性改变，如结膜瘢痕导致的睑球粘连、眼睑变形或继发感染。所以一旦得了结膜炎要积极治疗，针对病因治疗，局部给药为主，必要时全身用药，急性期不要包扎患眼。 第一，滴眼剂滴眼，这是治疗结膜炎最基本的给药途径，对于微生物性结膜炎，应选用敏感的抗菌药物和或抗病毒滴眼睛。急性期应频繁滴用滴眼剂，每一到两小时给一次，病情好转后可。减少递减次数。 第二，眼膏涂眼一睡前使用，可发挥持续的治疗作用。 第三，冲洗结膜囊。当结膜囊分泌物较多的时候，可以用生理盐水或百分之三的硼酸水冲洗。 第四，严重的结膜炎，如链球菌性结膜炎和衣原体性结膜炎，除了局部用药外，还需全身使用抗生素或磺胺类用药。