卵巢巧克力囊肿的CA 125水平可能升高。 重症患者更为明显，但变化范围很大，多用于重度内异症或疑有深部内异症的患者。但是CA125在其他疾病，如卵巢癌、盆腔炎性疾病中也可能出现升高，所以说CA125诊断内异症的敏感性和特异性均较低。不作为独立的诊断依据，但有助于监测病情变化，评估疗效和预测复发。卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症的一种，主要是由于子宫内膜的腺体以及腺体出现在了子宫体以外的部位，其中内异症可侵犯全身任何部位，以卵巢和宫骶韧带最为常见。