质子重离子治疗肿瘤的临床效果已经得到了肯定，但并不是所有的肿瘤都适合质子重离子的治疗。作为一种高能粒子射线的放疗设备，他有优势，但也有局限之处，它的优势在于放疗的精准度以及对肿瘤的杀伤力大，就算是一些对普通放射线不敏感的那样癌细胞一样有杀灭作用，所以这一些普通放疗不敏感的肿瘤，比如肉瘤一样可以收到很好的疗效。 另外，针对一些特殊部位，比如脑干或者脊柱的位置的放疗，质子重离子的定位更加精准，对周围的损伤更小安全度就更高，但是质子重离子只适合针对实体肿瘤的放疗并且他不适合一些肠腔内的肿瘤放疗，因为容易引起放疗的溃疡穿孔，并且它的价格昂贵，难以普及。