卵巢巧克力囊肿，治疗主要是根据患者的年龄，症状，病变的部位，范围，以及是否有生育要求等，来进行个体化的选择治疗方案，年轻女性，较小的卵巢巧克力囊肿，可采用保守治疗的方法，就是使用药物控制，和缩小囊肿，缓解痛经，对症处理囊肿，引起的慢性盆腔疼痛，月经不规律等等，而对于较大的卵巢巧克力囊肿，经过药物治疗后症状不缓解，并且有逐渐增大的趋势的，或者囊肿的性质，无法直接确定的，建议尽快手术治疗，手术时间应选择在月经刚刚结束后开始，因为这个时候，卵巢巧克力囊肿是比较小的，避免在月经期进行，对于保留生育功能的，给与巧克力囊肿剥除术，年龄超过45岁以上的，可以考虑切除一侧附件，术中一定要充分进行探查，将子宫双附件以及盆腔内，所有的可见的，子宫内膜移位病灶，都予以切除术后，给予六个月的药物治疗，预防和推迟复发，对于较大的卵巢巧克力囊肿可以手术前先给予三到六个月的药物治疗，使囊肿缩小后再进行手术。