巧克力囊肿怀孕了可以打胎的，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，发病的原因主要的是经血逆流，或者剖宫产以及人工流产过程中，将子宫内膜带入切口或者子宫以外的其他部位，本身也是容易导致继发性不孕，痛经、性交不适和月经异常。治疗方式选择药物或者手术治疗，手术治疗也是有复发性的，因此对于巧克力囊肿的女性，如果怀孕了选择人工流产一定要慎重，怀孕后导致异位的内膜萎缩，本身对巧克力囊肿也有一定治疗作用。