巧克力囊肿怀孕后，对胎儿是没有影响的。巧克力囊肿对育龄期女性主要的影响是可能导致不孕不育。但是如果一旦成功受孕后，对胎儿和母体就没有其他的不良影响，怀孕后由于发生了闭经，对子宫内膜异位囊肿起到了一定的治疗作用，所以怀孕后子宫内膜异位囊肿，是不会继续增大的，甚至会有一定程度的缩小，所以说，怀孕是对子宫异位囊肿最好的天然的治疗。