基本上所有的治疗艾滋病的药物都有大大小小、程度不等的副作用或者是不良反应。 目前的对于抗艾滋病治疗的药物主要是通过几类不同作用途径的药物整合在一起进行联合的抗病毒，目的主要是抑制病毒的复制，这几类药主要包括核苷酸类似物、整合酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、逆转录酶抑制剂。一般来说，逆转录酶抑制剂主要就是核苷类似物。他们的不良反应相对来说比较小。蛋白酶抑制剂和整合酶抑制剂相对来说不良反应比较多，通常可以造成头晕、头痛、恶心、胃痛，甚至可以出现乏力、皮疹这些不良反应。而且还可以造成肝肾功能的影响，所以在进行抗艾滋病毒治疗的过程中，要注意观察相应的不良反应。