手术治疗近视眼后并没有后遗症，但是有可能会有并发症。 手术并发症有手术术中并发症和术后并发症。术中并发症如：准分子激光原位角膜磨削术可有显微角膜板层刀相关并发症，如角膜瓣过薄或破损、纽扣孔、角膜瓣偏心等现象。 术后并发症有：角膜瓣移位或丢失、角膜瓣皱褶、角膜瓣下异物残留、弥漫性层间角膜炎（又称非特异性弥漫性层间角膜炎或撒哈拉综合症）、感染性角膜炎、角膜瓣下上皮细胞内生或植入、角膜瘢痕、LASIK所致的神经营养性上皮病变、屈光回退、过矫或欠矫、不规则散光、眩光、光晕、夜间视力下降及单眼多视症等。 视网膜的并发症包括：视网膜脱离、视网膜下出血及黄斑裂孔等。追加矫正视力下降，还有干眼症等一系列并发症。