深蹲的时候膝盖疼痛，最可能的原因是韧带的损伤拉伤还有半月板损伤、软骨磨损的问题。一般来说，如果疼痛比较轻的话，可以注意休息，避免过度活动、过度劳累、过度负重，避免做长时间的深蹲、长时间的跑步、爬山、骑自行车等剧烈的运动。可以做一些膝关节周围的康复理疗相关治疗，比如说针灸、推拿、按摩、热敷，还可以佩戴膝关节的护具进行保护，护具可以分散膝关节受到的外力，限制关节的活动范围，减轻膝关节的疼痛症状。如果膝盖的疼痛比较严重的话，首先应该去医院做核磁共振检查，明确膝关节疼痛的原因，然后对应治疗，还可以口服非甾体类镇痛消炎药，比如双氯芬酸钠、洛索洛芬钠，还可以局部用一些活血化瘀的膏药，比如说云南白药膏、消肿止痛膏。