怀孕40天自然流产了，排出来的有绒毛组织和蜕膜组织。流产之后就要观察出血的情况了，如果一周之内干净了，说明流产就干净了，如果阴道出血超过10天还不干净，那就要做一个B超检查，看子宫内有没有残留物存在，如果有还要看残留物的多少，很少的话可以试着吃一些活血化瘀的药物帮助残留的东西排出来，如果很多的话必要的时候就得做清宫手术，术后要口服消炎药预防感染的，这几天要注意休息，适当活动，不要吃生冷的东西，注意保暖，不要着凉。