巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的，它是子宫内膜异位到卵巢上，然后周期性的脱落出血从而形成的。子宫内膜异位症发生的原因不明，可能和经血逆流，可能和上皮异常化生等有关系，目前尚没有一个确切的原因，大的巧克力囊肿一般需要手术治疗。