卵巢巧克力囊肿手术以后一般不影响怀孕，但是也要根据手术中的具体情况，巧克力囊肿的大小，以及做完手术以后卵巢皮质残余的情况，手术以后卵巢恢复的情况，以及手术过程中有没有盆腔粘连，有没有盆腔的子宫内膜异位症等等综合评估。 只要没有很严重的盆腔粘连，卵巢正常的皮脂残余的比较多，那么卵巢的排卵就不受影响。如果同时输卵管也是通畅的，这样就不会影响正常怀孕。 但如果是盆腔有重度的粘连，或者输卵管表面也有子宫内膜异位病灶，或者盆腔内有广泛的内膜异位病灶，这种情况会使怀孕的几率下降。