肛瘘和肛周脓肿是两种不同的阶段，各有特点，肛周脓肿一般起病比较急。属于急性的感染期，一般会表现肿痛发热，感染症状比较重，而肛瘘是一种慢性的炎症，肛瘘一般不会有太明显的疼痛。也不会有发热的这些症状，但是肛瘘如果侵犯到深部组织，有可能手术会比较困难，而且手术后容易复发，所以单纯说哪个严重并不是客观的，主要还是根据严重程度，如果是严重的脓肿，也有可能感染比较重，还有危及生命的可能，如果是轻度的脓肿可能就不是特别急。