巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，囊肿内性状如咖啡色，粘稠，是一个病理性的囊肿，所以不会自愈的，巧克力囊肿最好的治疗方法就是手术治疗，如果有怀孕要求的女性，建议在术后半年后尽快怀孕，因为巧克力囊肿比较容易复发，在有可能复发之前尽快怀孕。