巧克力囊肿很小，需要治疗，但是可以先使用药物暂时不用手术。 当卵巢巧克力囊肿直径在四公分以上，合并不孕，痛经药物治疗无效时，可以选择手术治疗，手术以腹腔镜为首选。巧克力囊肿是激素依赖性疾病，在自然绝经和人工绝经以后，异位内膜病灶可逐渐萎缩，吸收。怀孕或者使用性激素抑制卵巢功能，可暂时阻止疾病发展。常用的药物有布洛芬、孕激素、米非司酮、孕三烯酮、达那唑、亮丙瑞林。对于轻度巧克力囊肿的患者可以口服避孕药，可以导致子宫内膜萎缩，月经量减少。