扁桃体发炎和疱疹性咽峡炎主要的区别就是在发病机理方面。 扁桃体发炎主要是由于急性细菌感染引起的，比如葡萄球菌、溶血性链球菌。而疱疹性咽峡炎主要是由于病毒感染引起的，比较常见的就是柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道病毒。 在治疗方面也是有区别的。扁桃体发炎因为是由于细菌感染导致的，所以说需要用抗生素抗感染治疗。而疱疹性咽峡炎主要是由于病毒感染引起的，所以说需要用抗病毒药物进行治疗。 而且疱疹性咽峡炎具有传染性，因此一般需要隔离两周左右。