怀孕40多天自然流产的原因有很多，需要根据具体的情况进行分析。如果平时月经规律，怀孕的天数是按照末次月经第一天开始计算的。怀孕40多天自然流产属于孕早期的自然流产。大多是由于染色体异常，或是母体因素，免疫因素，或是受到了外界因素等等所导致的。如果一定要确定具体是哪种原因，则需要进行相应的化验检查。在孕早期要多注意休息，避免劳累或是剧烈运动。要远离化学物品，放射线等物质。同时，要定期的到医院进行相关检查。一旦发生腹痛，阴道出血等现象时，应该及时的到医院就诊。