早期妊娠自然流产最常见的原因是胎儿染色体异常，这个原因占到了百分之七十左右，胎儿的染色体异常包括先天性的染色体异常，也就是父方或者母方有任何一方的染色体有异常，以及在胚胎受精发育过程中染色体受到外界因素的影响发生了基因突变，其次，母体有自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征，以及有严重的子宫内膜疾病，比如，子宫内膜粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、子宫内膜炎、宫腔粘连，这些因素都可以导致早期妊娠自然流产。