巧克力囊肿一般不会自己消失。 巧克力囊肿是卵巢内的子宫内膜异位症的一种表现。它是由于正常在子宫内膜的组织，到了卵巢组织内部，所以每个月来月经的时候，卵巢内的内膜异位病灶也会有周期性的出血，出血越积越多就形成了巧克力囊肿。只要是正常女性在绝经前，每个月都来月经，巧克力囊肿就会持续增大，所以不会自己就无缘无故消失。但是，如果怀孕或者吃药假绝经治疗或者绝经以后不来月经了，小的囊肿有可能会自行的萎缩变小。