卵巢囊肿和输卵管系膜囊肿相比较是卵巢囊肿更为严重。 正常女性的附件区域的器官包括输卵管和卵巢，而输卵管表面被一层膜状组织覆盖，向下延伸就形成了输卵管系膜。输卵管系膜囊肿是在输卵管管腔以外的，一般并不会影响到输卵管的功能，也不会影响卵巢排卵。所以相比较来说是比较轻的，除非是有大于七厘米的输卵管系膜囊肿容易影响输卵管的蠕动功能。而卵巢囊肿是长在卵巢内部的，长时间存在，可能会持续增大，导致囊肿破裂或者扭转，还可能有恶变的几率，所以是更为严重的。