卵巢巧克力囊肿的原因尚未阐明，包括各种学说。 1、种植学说，是指由于各种原因所导致子宫内膜直接种植在子宫以外的位置，这些原因可能是经血逆流、淋巴以及静脉播散、医源性种植。 2、体腔上皮化生学说，认为由于卵巢表面的上皮受到持续、卵巢激素或经血或慢性炎症的反复刺激，从而被激活，转化为子宫内膜样组织，最终引发该病。 3、诱导学说。 4、遗传学说，指该患者一级亲属，主要是指母亲、女儿、亲姐妹有过这样的病史。 5、免疫与炎症学说。 6、环境因素。