常见的病理性因素引起的口臭，包括口源性口臭和非口源性口臭。口源性口臭是由口腔疾病引起的，比如说口腔溃疡，牙龈炎，牙周脓肿，龋病，牙列不齐，口腔内存在残根残冠。牙髓病及根尖周病均可以引起口源性的口臭。而非口源性的口臭中，10%是来自于口腔邻近区域的疾病引起的，比如说鼻咽喉区域的疾病，此外，胃肠道的疾病也是常见的引起口臭的原因，幽门螺旋杆菌感染是胃肠道疾病与口臭的罪魁祸首。除了胃肠道疾病以外，口臭还有一些呼吸道疾病，如肺脓肿，内分泌疾病如糖尿病等都有一定的关系。