对于桥本氏甲状腺炎复发的原因，通常有遗传的因素，免疫的因素，环境因素，或者患者合并了甲状腺功能减退，没有完全治愈。容易出现桥本氏甲状腺炎复发，患者因为免疫系统功能再次受损，因此出现了攻击甲状腺的自身抗体，部分甲状腺滤泡上皮细胞受到了破坏，导致甲状腺激素分泌不足，没有被破坏的甲状腺滤泡细胞为了维持机体的正常功能，代偿性的增生以产生更多的甲状腺激素，因此桥本氏甲状腺炎复发，另外，自身的免疫因素还包括细胞免疫，体液免疫或伴有其他的自身免疫力的疾病都容易导致桥本氏甲状腺炎复发。